Реальная проблема заключается в том, что вы передаете список параметрам, но затем вы пытаетесь вызвать repr для результата (я знаю это только потому, что у меня возникла та же проблема при запуске в ipython). Что вам нужно сделать, это передать в кортеж:
counters = Counter.objects.raw("""
SELECT id, name FROM building_counter c
INNER JOIN scope_scope_buildings ssb
ON c.building_id = ssb.building_id
AND ssb.scope_id = %s
WHERE energy_id = %s
AND parent_id is not NULL
AND type = 'C'
""", (self.id, energy_id))
Или вы можете применить этот патч к вашему источнику django, и он превратит их в кортежи, когда вы в оболочке.
Если вы не часто используете оболочку для необработанных запросов, вы можете просто проигнорировать это, поскольку остальная часть django прекрасно обрабатывает параметры списка.