У меня была такая же проблема при переносе 2008 -> 2013. Это было вызвано тем, что мы использовали один и тот же связанный AssemblyInfo.cs для всех проектов в решении.И только для сборки, которая использовала некоторые COM-объекты (MSMQ), кажется, что он начинает искать GUID ссылочных сборок и две из них из нашего решения ...
Поэтому, когда я предоставляю отдельные AssemblyInfo.cs для проектовуникальные идентификаторы GUID начинают работать.Надеюсь, эта информация будет полезна.