Вот один пример оператора pull, использующего flask_mongoengine и предполагающий, что класс родительского объекта называется Blog, а комментарии - это EmbeddedDocuments в Blog.
Blog.objects(id=blog_id).update_one(pull__comments___id=comment_id)
Обратите внимание на тройное подчеркивание в id комментариев.Это потому, что если вы хотите использовать первичные ключи в комментариях, вам нужно добавить один из них в объявлении модели следующим образом:
class Comment(db.EmbeddedDocument):
_id = db.ObjectIdField(primary_key=True, default=lambda: ObjectId())
...
Функция lamba сгенерирует ваши первичные ключи для вас.