Один из вариантов - взять локальную копию нового репо, настроить ее как обычно, а затем запустить git push --force origin master (или как вы называете свой пульт и филиал).На самом деле это не удаление всех файлов, каталогов и истории (по крайней мере, не сразу), но они больше не будут доступны из вашей головы, и это все, что вам нужно, если вы действительно не хотите это сделать1004 * невозможно восстановить существующие файлы.