В основном вы ответили на свой вопрос:
Я думаю, что проблема в компиляции в VS2010. Я пытался изменить
некоторые свойства оптимизации, но проект не может быть скомпилирован ...
однако на это трудно ответить, так как в обоих компиляторах есть много вариантов оптимизации, трудно сказать, какой вариант делает его намного быстрее / медленнее. Также возможно (и, скорее всего, так), что компилятор MS просто не может создать точно такой же или похожий код, что и компилятор Eclipse.
Вы можете "поиграть" с переключателями оптимизации компилятора VS и посмотреть, поможет ли это. Вы можете попытаться сравнить его параметры с параметрами Eclipse, чтобы найти различия, но, скорее всего, они будут слишком разными.
Как правильно упомянул @Zuljin, проверьте, что вы выбрали проект Win32, а не приложение CLR (Windows Forms). Если вы используете проект CLR, то, естественно, он будет работать медленнее, чем собственный тип программы.