Рассказ - это просто текстовое содержание, абстрагированное от его использования в документе. Если вы хотите, чтобы истории были в правильном порядке, вам необходимо:
1) Найдите файл designmap.xml в корне распакованного IDML-файла (сначала распакуйте его целиком - я думаю, вы уже это знаете)
2) Получите из него порядок спредов, найдя элементы спреда:
<idPkg:Spread src="Spreads/Spread_uc6.xml" />
3) Внутри каждого развёрнутого документа получите порядок TextFrames:
<TextFrame Self="uec" ParentStory="uda" PreviousTextFrame="n" NextTextFrame="n" ContentType="TextType" ... (many more parameters) ... />
4) Проверьте ссылку ParentStory для каждого текстового фрейма:
<TextFrame Self="uec" ParentStory="uda" ... />
5) Найдите связанную историю: в этом случае это будет Stories/Story_uda.xml.
В простом документе, где каждый текстовый фрейм сопоставлен с одной историей, это даст вам порядок, в котором ваши истории появляются в документе.
Однако существуют некоторые обстоятельства - например, несколько фреймов, связанных с одной историей, или многопоточные фреймы, где одна история разбита на несколько текстовых фреймов - где это отображение не будет таким простым. Также обратите внимание на сложность, представленную MasterSpreads.
Вы найдете документацию по Adobe IDML полезной: http://www.adobe.com/devnet/indesign/documentation.html#idml