Вы хотите увидеть, содержит ли список поле, поэтому вы можете использовать Enumerable.Contains
nt.v_MapCrimeData.Where(c => selectedAgencys.Contains(c.AgencyName))
Поскольку вы указали, что используетеLinq to Entities, вы можете попробовать присоединиться.
List<v_MapCrimeData> list = v_MapCrimeData.Join(
selectedAgencies,
c => c.AgencyName, //key selector for v_MapCrimeData
a => a, //key selected for selectedAgencies
(c, a) => c).ToList(); //result selector (i.e. return the v_MapCrimeData)