База данных хороша, если ваше приложение будет развернуто на нескольких машинах, в этом случае база данных является наиболее разумным способом централизованного хранения пользовательских настроек.
Если есть только одна машина и пользователи подключаются к ней черезудаленный рабочий стол или общий физический компьютер, возможно, лучше просто загрузить разные файлы конфигурации на основе имени пользователя или другой информации для авторизации, например:
AppDomain.CurrentDomain.SetData("APP_CONFIG_FILE", pathToUserConfigFile);