Предполагая, что вы используете массив для хранения вашего y, вы, вероятно, хотите сделать $ push, что-то вроде:
var mongo = db.x.findOne();
db.x.update({_id:mongo._id}, {$push:{y:{title:"test2"}}});
Если вы хотите снова сохранить всю запись, вы можете сделать это ближе к тому, что вы пытались:
var mongo = db.x.findOne();
mongo.y.push({title:"test2"});
db.x.save(mongo);
Но $ push, вероятно, лучше, и вы можете сделать это с помощью одной команды обновления.