В большинстве случаев, когда мы загружаем tomcat и извлекаем файл, создается папка:
C:\Program Files\apache-tomcat-9.0.1-windows-x64
Внутри этой фактической папки tomcat будет находиться:
C:\Program Files\apache-tomcat-9.0.1-windows-x64\apache-tomcat-9.0.1
выбрав вам нужно выбрать внутреннюю папку:
C:\Program Files\apache-tomcat-9.0.1-windows-x64\apache-tomcat-9.0.1
вместо внешней.