Я не думаю, что вы можете скрыть окно консоли при запуске командного файла.Однако вместо этого вы можете использовать vbscript, который по умолчанию не создаст консольное окно.
Возьмите приведенное ниже и поместите его в файл с расширением .vbs:
Dim wshShell
Set wshShell = CreateObject("WScript.Shell")
wshShell.Run "msiexec.exe /i ""\\FileServer2\setup.msi"" /l*v ""C:\setupLog.txt""", 1, true
wshShell.Run "C:\setupLog.txt"
Все двойные двойныездесь есть кавычки, потому что вся команда должна быть заключена в «» и удваивать их, чтобы избежать их. Документация для WshShell.Run для получения дополнительной информации.