Спасибо за помощь. Позвольте мне частично ответить на мой собственный вопрос. Проблема в IE9 заключается в том, что все элементы javascript / Jquery на моем сайте больше не работают. В подменю суперфиши был небольшой промежуток между ссылкой и подменю, но в javascript была задержка секунды до того, как меню исчезло, достаточно, чтобы преодолеть небольшой разрыв. Без javscript задержка составляла 0 секунд, поэтому, как только вы вошли в промежуток мышью, подменю исчезло. Я разместил подменю прямо рядом со ссылкой, поэтому проблема устранена, и меню работает даже с отключенным JavaScript.
Реальный вопрос заключается в том, почему такие элементы javascript / jquery, как lightbox, superfish и nivoslider, не работают в IE9.