Если у вас все запросы в вашем веб-сервисе имеют длительный тайм-аут, вы можете установить
<httpRuntime executionTimeout="300"/>
Под
<system.web>
в вашем файле web.config, где 300 - ваше время ожидания в секундах
Однако, поскольку DevSlick отвечает , вы можете пересмотреть свою архитектуру, веб-службы не предназначены для долгосрочных задач, вы можете создать консольное приложение, которое запускается по расписанию.