Похоже, ошибка в jdk6, Panel.background одно из свойств не используется. Следующие работы в jdk7 (обратите внимание на последовательность: сначала установите цвет, затем LAF)
UIManager.put("Panel.background", new Color(255,0,0));
UIManager.setLookAndFeel(info.getClassName());
Я предполагаю, что он все еще как-то глючит, так как Nimbus должен обновлять свои свойства при получении любых изменений в настройке менеджеров, так что обратная последовательность, чтобы сначала установить Nimbus, а затем установить цвет), должна также работать, но не даже в jdk7
UIManager.setLookAndFeel(info.getClassName());
UIManager.put("Panel.background", new Color(255,0,0));
//UIManager.put("control", Color.MAGENTA);
Кажется, что это специфично для Panel.background (и, скорее всего, куча других), "control" в обоих jdks-е в порядке, как до, так и после установки LAF.