Не ответ на ваш вопрос, но:
Может помочь уменьшение "размера пакета журнала" до 100 (по умолчанию 500) в настройках.
Наше репо с 2300+ оборотами загружается за 2-3 секунды (с моего SAS-диска со скоростью 15 000 об / мин, но не говоря уже об этом), так что я не думаю, что ваша проблема в том, что на самом деле много оборотов. Там намного больше репо. :)
Обратите внимание, что и разработчики ядра Mercurial, и разработчики TortoiseHg заинтересованы в поиске ошибок в производительности, поэтому, возможно, стоит обратиться за помощью в списки рассылки.