Сначала убедитесь, что скрипт исполняемый:
cd cake/console
chmod +x cake
Во-вторых, убедитесь, что у вас установлен php5-cli. Процесс для этого зависит от системы. Погуглите "php5-cli" + ваше имя дистрибутива должно дать вам информацию.
В-третьих, вам не нужно добавлять торт к своему пути, если вы не против перехода в папку или ввода полного пути.
cd cake/console/
./cake bake