Не уверен, чего вы здесь добиваетесь.
Прежде всего, вам не нужно ничего сериализовать в JSON.Особенно не заменяйте части строки после ее сериализации .
Во-вторых, является ли unique_id
одно значение, которое вы ищете?Если это так, просто передайте его на запрос:
unique_id = '11223|14589'
foo.find({'id': unique_id})
Или эти два значения вы хотите найти?
unique_id = '11223|14589'
ids = unique_id.split('|') # ['11223', '14589']
foo.find({'id': {'$in': ids}})