Они больше не нужны. Просто удалите все dll, которых больше нет (за исключением, может быть, log4net, теперь это необязательно, но без него не будет никакой регистрации).
Вы также можете получить ошибки в hibernate.cfg.xml, просто удалите удаленные элементы, такие как ProxyFactoryFactory.