Я обычно использую версию без установки, которая просто распаковывается в каталог. В этом случае нет, вы можете просто переименовать каталог и установить новую версию.
Однако, если вы используете установщик, его, вероятно, лучше удалить. Тем не менее, убедитесь, что вы сохранили свои базы данных mysql и все остальное, что вы хотели бы сохранить при установке!