Вам нужно git rm
папку, затем git commit
удаление. Наконец, git push
ваш новый коммит на github.
Простое удаление папки не скажет git, что вы хотите удалить ее - это переведет ее в состояние «отслеживается, но отсутствует». Вы хотите, чтобы он перешел в «неотслеживаемое» состояние, для чего предназначен git rm
.