Если это прямой прямоугольник, просто установите значения в матрице:
function Stack1()
im = imread('peppers.png');
x = 10;
y = 20;
w = 40;
h = 50;
im(y:y+h,x,:) = 255;
im(y:y+h,x+w,:) = 255;
im(y,x:x+w,:) = 255;
im(y+h,x:x+w,:) = 255;
figure();imshow(im);
end