У меня уже есть такая же проблема.Сначала я использую Runtime для запуска команды chmod, она работает, но я не знаю, почему через несколько дней моя программа обычно умирает безо всякой причины.Моя программа проста, поэтому я думаю, что есть что-то вроде памяти, утечки ресурсов при использовании Runtime.exec в Java.Позже я переключаюсь на использование JNA для прямого вызова функции libc, до сих пор она работала хорошо.