NTP не будет работать на виртуальных машинах. Период. Часы виртуальной машины, ну ... виртуальные. Он не ведет себя как часы реальной машины, и NTP зависит от того, чтобы он работал правильно.
Но гостевые драйверы, которые вы должны установить на ВМ, должны позаботиться о синхронизации часов. По крайней мере, с VirtualBox и IIRC, VMWare работает так же. Вы установили драйверы гостевой машины?