Что именно вы построили с помощью Cygwin? У меня была ошибка, из-за которой я не смог собрать из командной строки, но с Cygwin все работает нормально.
В Cygwin я сначала перехожу к папке с моим проектом:
cd / cygdrive / c / "путь к папке вашего проекта>" /
тогда, пока я нахожусь в папке проекта, введите:
/ cygdrive / c / "путь к папке android-ndk-r7b" / ndk-build
После использования этих команд я смог запустить Tutorial 2 Advanced - 1. Добавить собственный проект OpenCV. Дайте мне знать, если это вам поможет?