Приведите вашу структуру обратно к нужному типу в вашем обработчике сигналов.
MyVariables *vars = (MyVariables *)user_data;
PS .О, да, и не забудьте выделить свою структуру;если вы передадите локальную переменную, она исчезнет к тому времени, когда будет вызван ваш обработчик сигнала.