Действительно, исходный код из репозитория не имеет предварительно скомпилированных двоичных файлов OpenCV.
В Windows (MSVC) вам необходимо построить INSTALL
проект два раза (в конфигурациях Debug и Release). Он создаст папку install
со всеми необходимыми двоичными файлами, заголовками и другими файлами.
Кстати, репозиторий OpenCV недавно перенесен на новый хостинг:
http://code.opencv.org/svn/opencv/branches/2.3/