Единственный реальный способ изменить значение объекта конфигурации - это сбросить его в переменную, сбросить соответствующий элемент, попросить реестр удалить ключ для конфигурации, а затем сбросить его.
<?php
$registry = Zend_Registry::getInstance();
$config = $registry->get('config');
unset($config->domain);
$registry->offsetUnset('config');
$registry->set('config', $config);
?>
Однако, чтобы это работало, вам нужно было бы установить объект Zend_Config для редактирования до того, как он будет установлен в реестр в первый раз.
Вы должны учитывать, что не рекомендуется редактировать реестр таким способом. В частности, объект Zend_Config спроектирован так, чтобы быть статичным после первоначального создания.
Надеюсь, я достаточно хорошо понял вашу проблему!