Вам необходимо включить MSI-установщик .net и запустить его для установки в пакет. Это похоже на использование других инсталляторов, запускающих вторичные установки, таких как DirectX или Crystal Reports и т. Д.
Поскольку нет уверенности в том, что пользователь выполнит установку вторичного пакета, вам нужно будет обработать этот случай.