Поддерживайте вашу базовую версию со всем, что есть в вашей системе управления исходным кодом.
Тогда, если вы хотите распространять исходный код, отфильтрованный одним или несколькими способами, создайте сценарий, который сделает выпускную версию вашего исходного кода.
Не обслуживайте эти вторичные отфильтрованные репозитории, всегда создавайте их.
Но стоит ли это времени? Вероятно, нет, и вам, вероятно, следует просто распространить все, включая части #ifdef DEBUG.