Приложение и вспомогательное приложение должны работать в одной и той же версии .NET.
Кроме того, между web.configs существуют отношения родитель / потомок - поэтому дочернее приложение будет наследовать родительский web.config, если не указано, что это не нужно делать, используя в наследственных файлах значение ʻinititInChildApplications '.