Скорее всего, это проблема статической высоты или положения для div или одного из его родительских контейнеров.
Если у div или одного из его родителей есть позиция: fixed или position: absolute, он не учитывается при вычислении высоты страницы.
Аналогичным образом, если родительский элемент div имеет статическую заданную высоту, его высота также будет опущена в вычислениях высоты страницы.
Обновление
После прочтения ваших обновлений можно с уверенностью сказать, что источником вашей дилеммы является
style="position: absolute;
Это говорит браузеру игнорировать высоту элемента при расчете высоты окна.