Да, все в порядке, просто создайте свой главный контроллер, используя класс корзины для покупок, так что это в основном просто приложение для покупок. После того, как он собран, соответствует дизайну, и, возможно, htaccess / маршруты имеют ту же структуру URL.
Все зависит от масштаба / индивидуального характера электронной коммерции, которую вы планируете. Возможно, более быстрый вариант будет Magento http://www.magentocommerce.com/, о котором я не могу говорить достаточно высоко. Это определенно мой первый порт захода для электронной коммерции, когда я занимаюсь разработкой.
Удачи.