GTK 3.0 имеет другую тему, чем GTK 2.0. Вероятно, любое из ваших других приложений GTK + все еще зависит от 2.0, поэтому вы не установили тему для 3.0. Узнайте, как установить его, например, Adwaita в вашей рабочей среде.
Кстати: посмотрите на Glib::RefPtr<>
.