Я не уверен, что вы тестируете, но вам может быть интересно использовать Isolate.Swap
Просто создайте поддельный объект и затем вызовите Swap, чтобы следующий созданный экземпляр был поддельным - нет необходимости в Ioc:
var fakeObject = Isolate.Fake.Instace<MyObject>();
Isolate.Swap.NextInstace<MyObject>().With(fakeObject);
// Call code under test
Первый объект типа MyObject, созданный после этого кода, будет поддельным объектом.
Если вы хотите использовать Ioc для инъекции вашего поддельного объекта, вы должны иметь возможность настроить его на возврат объекта, созданного с помощью Isolate.Fake.Instace .