Вы должны хранить свои данные отдельно от DOM.
Предполагая, что вы выводите страницы из какой-либо системы шаблонов, у вас будут те же данные, доступные в шаблоне, чтобы отобразить версию html (которую читают поисковые системы) и часть данных, который использует ваш скрипт.
Лучше всего не загрязнять пространство имен потока js, работающего в контексте текущей страницы.Для этого я рекомендую включить данные в тег сценария, назначенный переменной, которую ваш лайтбокс читает после загрузки.
Например:
<div> {name} </div>
<div> {value} </div>
<script>
var mydata = mydata || {};
mydata.lightbox = {
"name": "value"
}
</script>
В качестве альтернативы, если вы делаете xhrили запрос jsonp для получения данных json, вы все равно можете использовать подход mydata или просто работать с данными прямо в лайтбоксе.