Это ошибка в FF (и, видимо, в Safari 3.5 / Win и Opera 9.5 / Win): iframes перезагружаются при перемещении в дерево DOM. (Сортируемый jQuery перемещает узел в дереве DOM, когда вы его отбрасываете).
См. https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=254144.
Способ, который я обошел раньше, - это обозначить некоторую область, прикрепленную к родительскому элементу iframes, «дескриптором» для сортировки jQuery. Например:
+-----------------------+
| Drag Me | iframe here |
+---------+ |
| |
+-------------+
Вы перетаскиваете «дескриптор», а не фактический контейнер iframe. В Drop вы переставляете ручки, оставляя iframe там, где он находится в DOM. Это хорошо работало в моем случае, но YMMV.