Если вы получаете следующие md5s:
=$ echo -n aWord | md5sum
a72ef25b2fa8080e6e0643c967284842 -
И из файла:
=$ cat test.file
aWord
=$ md5sum test.file
1d03663ed556e850007c886ce5ad3ade test.file
Это потому, что в файле есть дополнительный символ - символ новой строки:
=$ hexdump -C test.file
00000000 61 57 6f 72 64 0a |aWord.|
00000006