Все, что вам нужно, кроме Doxygen - это компилятор справки HTML, который вы можете найти на веб-сайте Microsoft.
Затем вы можете использовать Doxywizard, чтобы указать Doxygen на исполняемый файл компилятора (hhc.exe). Установите флажок «GENERATE_HTMLHELP», выберите место для размещения файла .chm, и все готово.