Проблема, о которой я спрашивал, была связана с созданием нового плагина xtext, в который я вставил ранее разработанную грамматику. Мне не удалось удалить зависимости из этого проекта.
Вместо этого я импортировал старый плагин в Indigo с Xtext 2.0, а затем исправил различные ошибки, связанные с различными реализациями новой платформы. В этом случае проект, который не принадлежит JDT, не создает ошибок зависимости.