Я думаю, вам нужно реализовать обработчик события owndraw для таких узлов:
treeView.DrawMode = System.Windows.Forms.TreeViewDrawMode.OwnerDrawAll;
treeView.DrawNode += new System.Windows.Forms.DrawTreeNodeEventHandler(this.treeView_DrawNode);
private void treeView_DrawNode(object sender, DrawTreeNodeEventArgs e)
{
if(NodeWithCheckBox(e.Node))
{
// draw entry with checkbox
e.DrawDefault = false;
}
else
{
e.DrawDefault = true;
}
}