Убедитесь, что в вашем файле liferay-plugin-package.properties вы указали vaadin.jar в свойстве portal-dependency-jars =. Это должно выглядеть так:
name=Vaadin
module-group-id=liferay
module-incremental-version=1
tags=
short-description=
change-log=
page-url=http://www.liferay.com
author=Liferay, Inc.
licenses=
portal-dependency-jars=vaadin.jar