Проблема, вероятно, не в том, что она является общей; скорее, это сеть, по которой передаются данные. Существует очень мало обстоятельств, при которых для доступа к данным MySQL сетевое соединение быстрее, чем localhost, поэтому нельзя ожидать одинаковой производительности от обоих.
Однако вы должны быть в состоянии получить довольно быстрое и надежное соединение БД по хорошей сети. Если вы перемещаете огромные объемы данных, вам, возможно, придется использовать какое-то кэширование. Но если проблемы возникают даже при запросах среднего размера, вам, возможно, придется сообщить об этом вашей хостинговой компании для устранения неполадок. Многие общие хосты не оптимизированы для удаленного хостинга БД (большинство сайтов не нуждаются / не используют / не хотят его), поэтому, если они не могут его разместить, вам, возможно, придется перейти на хост, который удовлетворит ваши потребности.