Кажется, я помню, что где-то читал, что коллекция QuickLaunch хранит только настройки по умолчанию. Оглядываясь вокруг, я не могу найти эту документацию, чтобы показать вам, но она объяснила бы поведение, которое вы видите, если это правда.
Таким образом, ваш QuickLaunch.Count == 0
только подтверждает, что заказ товаров по умолчанию выполнен.
Вы все еще можете добавить узлы, если это вообще полезно;
SPNavigationNodeCollection nodes = web.Navigation.QuickLaunch;
SPNavigationNode node = new SPNavigationNode("Node Name", "Node URL", true);
nodes.AddAsFirst(node);