Я полагаю, что вы можете вставлять комментарии программно, используя Eclipse AST API. Кажется, вы уже используете этот API, поэтому было бы еще лучше, если бы вы придерживались того же API. У вас есть много примеров кода здесь , и одним из них является код для вставки Javadoc. Я все равно вставляю это сюда:
Javadoc jc = ast.newJavadoc();
TagElement tag = ast.newTagElement();
TextElement te = ast.newTextElement();
tag.fragments().add(te);
te.setText("Sample SWT Composite class created using the ASTParser");
jc.tags().add(tag);
tag = ast.newTagElement();
tag.setTagName(TagElement.TAG_AUTHOR);
tag.fragments().add(ast.newSimpleName("Manoel Marques"));
jc.tags().add(tag);
classType.setJavadoc(jc);
Я считаю, что это достаточный ориентир.