Когда вы говорите, что переместили файлы ресурсов, вы имеете в виду, что вы вручную переместили их в файловую систему? Если это так, очевидно, что инструмент сборки не сможет найти файлы, так как на них все еще ссылаются их «старые» местоположения. Попробуйте удалить файл ресурса из проекта, а затем «Добавить существующий элемент» и добавить его обратно. Конечно, не забудьте зарезервировать все до того, как попробуете ...
Редактировать: когда вы перемещаете файл в папку, имя этой папки становится частью пространства имен. Так, например, если у вас есть файл ресурсов с именем Resource1, и вы получили к нему доступ через Resource1.String1, после перемещения его в «Папку» он станет Folder.Resource1.String1