Разве вы не можете просто запустить импорт дважды? Я предполагаю, что файлы имеют несвязанные наборы данных. Вам может понадобиться параметр командной строки «ignore = y», чтобы разрешить импорт, если объекты, которые он пытается создать, уже существуют.
Или, возможно, я не совсем понимаю вашу ситуацию.