Мы заметили, что происходит точно так же. Когда документ 2007 года добавляется в библиотеку, в него добавляются свойства из списка (пусто).
Затем вызывается (синхронный) обработчик событий, обновляя список правильными значениями для столбца UniqueID.
Затем включается встроенное свойство, сопоставленное с документами 2007 года, и перезаписывает ваши значения значениями, хранящимися в документе 2007 года (не вызывая событие обновления элемента снова).
Это означает, что в списке теперь есть пробел для вашего столбца.
Если вы перейдете к асинхронному событию, вы можете увидеть, что мы сделали, и что небольшая задержка для асинхронного означала, что сопоставление свойств с документами 2007 года произошло первым (мы думаем), что означает, что значение сохранено правильно.
Можно нарушить сопоставление свойств между списком и офисом, но это только обходной путь.
Я не могу на всю жизнь найти, где эта информация находится на сайте MS, но это известная проблема. Возможно, вы можете зависнуть там для SP2 (может быть даже исправлено в SP1, но я не уверен).