У меня есть JInternalFrame внутри JPanel,
Внутренняя рамка не была разработана для использования с JPanel.
Она была разработана для использования сJDesktopPane, который использует пустой макет.JPanel по умолчанию использует FlowLayout.
Так что я бы предположил, что каким-то образом вызывается менеджер компоновки, а местоположение внутреннего фрейма сбрасывается.
Просто используйте панель рабочего стола, и вы выиграете 'У меня нет этих проблем.