Если MTOM включен, WCF не будет использовать его, если отправляемое сообщение не превышает определенного размера.Так что да, вы можете включить его, не влияя на небольшие сообщения.Я не нашел документацию, которая говорит, что это за размер.
Стоит отметить, что MTOM применяется только к двоичным данным (т. Е. Байтовому массиву).Если вы возвращаете класс с сериализованным XML, MTOM вряд ли вам поможет.По моему опыту, даже возвращение массива 1000 некоторого пользовательского класса все еще отправляется в виде текста XML.Так что за то, что ты возвращаешь, я не уверен, что ты что-нибудь получишь.Ответ Марка Гравелла говорит о том, как обойти это, превратив DataSet в байтовый массив.