find /path/to/dir -name "*.js" | xargs cat | uglifyjs -o > result.js
Обратите внимание, что порядок загрузки ваших скриптов может быть важным. Таким образом, вышеприведенное может завершиться с ошибкой (так как он просто сбрасывает файлы в любом порядке find и возвращает их). Я бы посоветовал вам написать небольшой сценарий оболочки, настроенный для вашего приложения.